Logiciels libres et enseignement

Favoriser l’usage de logiciels libres et de formats ouverts

- Créateur : Warren L. Delano (Delano Scientifi LLC, San Carlos, CA, USA)

  • Développeurs : Warren L. Delano, Ralf W. Grosse-Kunstleve
  • Mainteneur paquet Debian : Michael Banck
  • Licence : Python (CNRI Python License)
  • Langue : Anglais
  • Environnement : Linux, Windows, MacOSX (sans stereo)
  • Site web : http://www.pymol.org
  • Version testée : 0.98 (9 Mai 2005) compilée à partir de la source sur Debian unstable et binaire fourni sur le web.

Pymol est un logiciel de visualisation moléculaire associé à un interpréteur Python qui permet la visualisation en temps réel ainsi que la génération rapide et de qualité d’animations et d’images d’assemblages moléculaires.

Ce logiciel permet aussi la réalisation de nombreuses petites choses pratiques telles que l’édition de fichiers PDB (Protein Data Bank) facilitant souvent l’étude de structures protéiques. Il est capable de travailler avec la plupart des formats classiques y compris les objets graphiques bruts (CGO).

Ce logiciel est tout de même assez long à prendre en main et son usage est restreint aux classes spécialisées en biologie dans le secondaire. Cependant, sa puissance est telle qu’il peut permettre à tout enseignant d’étayer son cours de très belles images facilitant la compréhension des processus moléculaires.

Utilisation

La documentation officielle demande une inscription, mais le Wiki de la communuaté des utilisateurs propose documentations et tutoriels bien fournis.

Exemple rapide : Visualisation de l’hémoglobine

Il s’agit d’abord de télécharger un fichier de coordonnées sur la PDB (Protein Data Bank).

Recherche simple dans la PDB

On choisit ensuite l’hémoglobine humaine dont le code est 1a3n.

Recherche de l’hémoglobine humaine dans la PDB
Fenêtre du fichier pdb de l’hémoglobine humaine

On lance pymol (en tapant pymol dans un console ou en cliquant sur l’icone associée à l’exécutable). On choisit dans le menu “PDB Loader Service” le code 1a3n.

Fenêtres de pymol

On voit apparaitre la structure de l’hémoglobine ; on peut modifier un certain nombre de paramètres de visualisation dans le menu à droite. Il est aussi possible d’utiliser la souris pour changer l’angle de vue.

Hémoglobine chargée dans pymol

Avec un peu d’entrainement, il est possible d’obtenir des images de ce type qui permettent aux élèves de voir l’arrangement de la protéine autour de l’hème.

Image obtenue de l’hémoglobine

P.-S.

N’hesitez pas à me faire parvenir vos idées, envies ou conseils à propos de cet article.

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