Logiciels libres et enseignement

Favoriser l’usage de logiciels libres et de formats ouverts

- Auteur : Roger Sayle (Univ du Massachusetts, Amherst, USA), et Glaxo Wellcome. Mainteneur de la version Unix : Herbert J. Bernstein

Un exemple d’utilisation pédagogique de Rasmol est disponible, il concerne un usage dans le cadre d’un cours sur les enzymes en SVT (format PDF).

Cours sur les enzymes en SVT

Présentation générale

Le but principal de Rasmol est la visualisation de molécules en 3D. Rasmol peut visualiser aussi bien des molécules minérales simples que de grosses ou très grosses molécules organiques. Les molécules doivent être dans l’un des formats PDB, CIF ou mmCIF. Ces formats sont des descriptions textuelles de molécules, sous forme de :

  • Liste des atomes
  • Coordonnées spatiales des constituants
  • Liaisons entre les atomes

A partir de cette description, Rasmol crée une image tri-dimensionnelle, qui peut être rapidement - voire instantanément - zoomée (commande zoom dans le terminal suivie du facteur d’agrandissement, zoom 100 pour un facteur 1) ou déplacée dans l’espace au moyen de la souris. Diverses options permettent de visualiser la molécule dans différents modes (modèle boules et bâtons, modèle CPK, tresses), de modifier les couleurs, de faire des coupes spatiales, etc.

Quelques-unes des options sont accessibles au moyen d’un menu et de la souris, mais les commandes plus élaborées doivent être passées par des lignes de commande saisies au clavier. Rasmol doit être en effet lancé à partir d’un terminal Xterm, et un prompt RasMol> permet de passer les commandes souhaitées au fur et à mesure des besoins.

Pour démarrer l’aide en ligne et obtenir la liste des commandes, on tapera ainsi

help commands

ou, pour d’autres commandes plus spécifiques,

help mot-clé

Le chargement d’un fichier se fait par la ligne de commande

load nom_de_fichier

où le fichier, par exemple, est au format PDB.

La prise en main des fonctionnalités de base de RasMol ne requiert pas beaucoup plus que les quelques indications qui précèdent, le logiciel est donc d’usage assez simple.

Le code source du logiciel inclut quelques fichiers d’exemples, mais on aura intérêt à se procurer des fichiers d’exemples plus nombreux. Des bases de données de molécules minérales et organiques standard sont facilement accessibles sur le web, cf. par exemple :

http://www.faidherbe.org/site/cours...

Une collection de quelques dizaines de molécules usuelles est téléchargeable sur le site du serveur FTP de l’Académie de Grenoble :

ftp://ftp.ac-grenoble.fr/ge/chemist...

Note

Pour visualiser des molécules fournies dans un des nombreux autres formats chimiques existant, on peut utiliser le logiciel de conversion Babel, dans sa nouvelle version : Open Babel.

Ce logiciel est également intégré — avec une interface graphique — dans le paquet Xpovchem : ftp://ftp.ac-grenoble.fr/ge/chemistry/

Usages pédagogiques

Au niveau du Lycée, elles paraissent doubles :

  • Appréhension de la structure tri-dimensionnelle des molécules chimiques
  • Production de documents en couleurs pour la chimie (Rasmol permet d’exporter les images dans divers formats)

A un niveau un peu plus avancé, RasMol est certainement un outil très apprécié pour l’étude de la biologie moléculaire, référencé sur de nombreux sites dans le monde.

Documentation en Français

Une documentation en Français (mais pour la version MS-Windows de RasMol, qui est quelque peu différente) se trouve à l’URL : http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/mod...

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