Logiciels libres et enseignement

Favoriser l’usage de logiciels libres et de formats ouverts

- Auteur : Paul Thiessen (Chemical Graphics)

Présentation générale

PovChem est un logiciel permettant la visualisation de molécules minérales ou biologiques en 3 dimensions et en couleurs. A l’inverse de logiciels comme RasMol qui effectuent une visualisation rapide et interactive, mais avec un rendu de qualité moyenne, PovChem fournit de manière moins interactive une image de très haute qualité en ombre en lumière, idéale pour une publication imprimée. Un tel rendu est possible grâce à l’utilisation du logiciel graphique traceur de rayon PovRay (couplé à à des modéliseurs, PovRay est un outil performant bien connu pour la réalisation de scènes 3D réalistes de qualité photographique - les effets spéciaux du film Titanic ont par exemple été réalisés ainsi, au moyen d’une « grappe » de plus de 150 systèmes Linux effectuant des calculs en parallèle...)

Comme pour les visualiseurs de molécules plus standards, PovChem part d’une description textuelle de la molécule, sous forme de :

  • Liste des atomes
  • Coordonnées spatiales des constituants
  • Liaisons entre les atomes...

et construit à partir de là une description 3D dans le format .pov de PovRay. Cette description est ensuite interprétée par PovRay pour le rendu final.

La présente distribution inclut une version légèrement modifiée (et en GPL) de la version initiale 1.0 de PovChem, ainsi qu’un frontal graphique XpovChem qui automatise toutes les opérations précédentes par de simples clics de souris (les fonctionnalités du couple PovChem-1.0+XpovChem sont voisines de celles de la version PovChem-2.1 pour Windows, qui n’est disponible qu’en shareware limité).

Diverses options du frontal Xpovchem permettent de visualiser la molécule dans différents modes (modèle boules et bâtons, modèle CPK, modèle cylindres), de modifier l’angle de vue, le zoom, etc.

Vue du panneau de commande principal
Vue du panneau de commande des options géométriques

Note

Pour visualiser des molécules fournies dans un des nombreux formats chimiques existant, le paquet xpovchem inclut le logiciel Babel qui sait convertir un format de molécule à peu près quelconque en un format PDB, pouvant être interprété directement par PovChem. La nouvelle version de Babel est disponible sur le site de Open Babel.

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